1970 gründete er die Karl-Marx-Buchhandlung in Frankfurt am Main.
Bis 1975 war Fischer Mitglied der linksradikalen und militanten Gruppe Revolutionärer Kampf. Er beteiligte sich an mehreren Straßenschlachten mit der Polizei („Putzgruppe“), in denen Dutzende von Polizisten zum Teil schwer verletzt wurden. Ein Foto vom 7. April 1973 zeigt den mit einem schwarzen Motorradhelm vermummten Fischer und Hans-Joachim Klein, später Mitglied der Revolutionären Zellen (RZ), wie sie gemeinsam auf einen Polizisten einschlagen.[10] Es gibt von dem Geschehen auch einen Reportagefilm, der an diesem Tag für die Tagesschau gedreht wurde und die Szene in bewegten Bildern zeigt.[11] Als Außenminister gestand Fischer seine damalige Gewalttätigkeit ein.
Er beteuerte allerdings, niemals Molotowcocktails geworfen zu haben. Hintergrund war eine vorläufige Festnahme Fischers 1976, bei einer Demonstration für die RAF-Terroristin Ulrike Meinhof, unter dem Verdacht, einen solchen Brandsatz während einer Demonstration aus Anlass des Todes Ulrike Meinhofs am 10. Mai 1976 auf ein Polizeifahrzeug geworfen zu haben, wobei der Polizeiobermeister Jürgen Weber lebensgefährlich verletzt und dauerhaft entstellt worden war. Gegen Fischer wurde wegen Landfriedensbruchs, versuchten Mordes und der Bildung einer kriminellen Vereinigung ermittelt.[12] Fischer wurde aus der Haft entlassen, weil sich der Verdacht gegen ihn nicht erhärten ließ. Bei der Planung der Demonstration war unter Beteiligung Fischers der Einsatz von Molotowcocktails diskutiert worden.
1978 kommentierte er, die Ermordung von Hanns-Martin Schleyer, Siegfried Buback und Jürgen Ponto durch die RAF mit dem Satz: „Bei den drei hohen Herren mag mir keine rechte Trauer aufkommen, das sage ich ganz offen für mich,
1999 unterstützte Fischer maßgeblich die deutsche Beteiligung am völkerrechtlich umstrittenen Kosovokrieg, wodurch erstmals seit dem Zweiten Weltkrieg wieder deutsche Soldaten an einem Krieg beteiligt waren.
2007 gründete er eine Beraterfirma mit dem Namen Joschka Fischer Consulting. Er ist Gründungsmitglied und Vorstand des European Council on Foreign Relations, das von dem Milliardär und Mäzen George Soros finanziert wird.
2009 schloss Fischer einen Vertrag mit den Energieversorgern RWE und OMV als politischer Berater für den geplanten Bau der 3300 km langen Nabucco-Pipeline, die Erdgas vom Kaspischen Meer über die Türkei in die EU transportieren sollte. Fischer war damit Lobbykonkurrent zum früheren Bundeskanzler Gerhard Schröder, der damals für das Projekt der Nord-Stream-Pipeline warb